目前，尖锐湿疣治疗的主要手段是消除可见的疣体，而治疗HPV感染则缺乏非常有效的办法，这也是该病易复发的原因之一。当用传统的治疗方法(如C02激光或者液氮冷冻等)局部去除疣体后，溃疡周围潜伏的HPV可使原来皮肤有损害部位再发新的皮损。
另外，60％的尖锐湿疣患者尿道内有HPV潜伏感染，这既可以造成性伴侣HPV感染，又可以通过自身感染导致尖锐湿疣复发。
正因为以上原因，单纯去除疣体的治疗有时是不够的，而寻找更有效地调节患者免疫功能的方法，将是治疗尖锐湿疣的方向。对女性患者而言，子宫颈HPV感染的及时处理对子宫颈癌的预防具有非常重要的意义。子宫颈癌前病变一般采用电圈环切术治疗，而目前正在研究的HPV疫苗在治疗及预防尖锐湿疣及子宫颈癌中将发挥巨大作用。
尖锐湿疣治疗的手段较多:有局部用药，物理疗法(如微波、激光、冷冻、电烧等)，同时配以全身用药，如干扰素，提高肌体免疫力。
在治疗阶段或在疣体去掉后8个月内，在生活中应注意以下几点:毛巾、盆与家人的彻底分开；内裤单独洗，洗完用开水冲洗裤裆，并在太阳下曝晒或用电吹风将裤裆彻底吹干；尽量淋浴；用坐便器时尽量不要碰擦到下体，否则坐便器圈要消毒擦洗处理；性生活用安全套，注意体液不要相互接触。一般与家庭成员共餐、共用桌椅，或同床同被就寝，都不会传播。
世界卫生组织宣布，人类乳头状瘤病毒是导致宫颈癌的主要病因，所以要严禁性滥交或不洁性交，提倡少生优生，减少人工流产，预防产道感染，治疗慢性宫颈疾病，注意定期做子宫颈涂片检查。一旦出现阴道接触出血或不规则出血，或是白带增多、呈米汤样、混有血液或伴有恶臭难闻气味，应及时到妇科检查，以排除宫颈癌的可能。
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